Reservaadis jäetakse loodus arenema oma seaduste järgi. Linnusaare rabas käiakse vaid teadustöö huvides. Matkajaid sinna ei lubata.
Sihtkaitsevööndites on majandustegevus keelatud. Endla järve ja Sinijärve sihtkaitsevööndisse minekuks on alati vaja looduskaitseala luba. Lindude rände ja pesitsusajal 1.aprillist 30.juunini ei ole Endlal ja Sinijärvel kalameestel ja paadimatkajatel viibimine lubatud.
Piiranguvööndis kehtivad kitsendused võimaldavad loodusesõbralikku majandustegevust. Matkajad võivad sinna alati minna.

Keskkonnaameti kirjalikku luba on vaja:

• rohkem kui 20 osalejaga rahvaürituse korraldamiseks
• veematkade korraldamiseks jõgedel-järvedel
• mootorsaaniga ja ATV-ga sõitmiseks.